Guide utilisation interface OPVT pour SBT-ENI



L
'interface OPVT pour le traitement des données du réseau SBT-ENI (réseau national de Surveillance Biologique du Territoire sur le suivi des Effets Non Intentionnels) est une application web interactive développée par l’Université de Rennes 1 qui permet de visualiser toutes les données lombriciennes en créant vous-même, selon des variables proposées, un ensemble de graphiques concernant les abondances totales, par groupes fonctionnels et par taxons, la richesse taxonomique, la structure fonctionnelle ou taxonomique et l’occurrence fonctionnelle ou taxonomique.
Pour y accéder, cliquez ici.

Menu de sélection des paramètres

A gauche de l'interface figure un menu permettant de sélectionner des variables (choisir certains paramètres revient à sélectionner un sous-tableau avec les paramètres choisis). Les variables disponibles sont les suivantes :
  • Filtre : Choix unique (parmi 7 niveaux de filtrage)
  • Année : Choix multiple
  • Région : Choix multiple
  • Occupation du sol : Choix multiple 
Par défaut, au lancement de l'application, le filtre F0 est sélectionné ainsi que tous les paramètres des autres variables (années, régions et occupations du sol). En sélectionnant un autre filtre ou en supprimant des paramètres, l'application met à jour automatiquement les paramètres disponibles (en ne proposant que les champs qui sont présents dans le jeu de données issu de votre sélection)

Exemple : La région Bretagne n'ayant pas de vigne, en ne sélectionnant que la Bretagne, le paramètre "Viticulture" n'apparaîtra pas dans l'occupation du sol et ne pourra donc pas être sélectionné.

Important : Pour retirer plusieurs paramètres, il faut les sélectionner un par un et appuyer sur la touche [Suppr] du clavier.
Menu Shiny ENI

Après la sélection des paramètres, il est possible de choisir une variable (X) qui sera la variable explicative des graphiques. L'occupation du sol est la variable proposée par défaut. Les autres variables disponibles sont :

  • Culture : Type de culture (blé, maïs, vigne, maraîchage et inconnue)
  • Mode_production : Uniquement conventionnel (QUE CONV), majoritaire conventionnel (MAJ CONV), autant de conventionnel que de biologique (MIX CONV-BIO), majoritaire biologique (MAJ BIO), uniquement biologique (QUE BIO) et inconnue.
  • Annee : 2013, 2014 et 2015
  • Region : Acronymes des régions Alsace (AL), Aquitaine (AQ), Auvergne (AU), Bourgogne (BO), Bretagne (BR), Corse (CO), Franche-Comté (FC), Nord-Pas-de-Calais (NP), Poitou-Charentes (PC), Picardie (PI) et Rhône-Alpes (RA)
  • Travail_Sol : Type de travail du sol (Labour, Techniques Culturale Sans Labour (TCSL), Semis Direct et Inconnu)
  • Code_parcelle : Identifiant des parcelles crée par l'Université de Rennes 1
  • Pente : Pente de la parcelle en pourcentage (Nulle, 1 A 2%, 2 A 5%, 5 A 10%, 10 A 20%, > 20%, Inconnue)
  • Infiltration : Infiltration de la solution moutardée (Mauvaise, Moyenne, Bonne, Inconnue)
  • Temperature_sol_celsius : Température du sol allant de 2 à 27°C
Remarque : Pour une meilleure lisibilité des caractères de l'axe X, il est possible de cocher la case "Axe X vertical".
Choix Variable X Shiny ENI


Exemple concret : A partir des données issues du filtre F1 Médian, pour visualiser les données lombriciennes par mode de production et pour toutes les régions de 2015 en grandes cultures, il faut effectuer les opérations suivantes :

Retour Menu

Description des filtres proposés

Dans l'optique d'obtenir des données les plus fiables possibles, plusieurs filtres ont été définis par UR1 selon les conditions d'application du protocole d'échantillonnage des lombriciens et les pratiques agricoles.

Le premier critère de sélection des données porte sur les conditions d'application du protocole en fonction des 4 paramètres suivants : la date de prélèvement des lombriciens (renseignée en numéro de semaine), la température du sol en degré celsius, l'infiltration de la solution moutardée et la pente de la parcelle. En variant sur ces paramètres, 4 filtres en résultent (filtres énumérés suivant une restriction de plus en plus importante).

  • F0 :
    Aucun filtre, toutes les parcelles sont conservées
  • F1 Light :
    Conserve uniquement les parcelles échantillonnées entre mi-janvier et début juin (semaines 3 à 23) et avec une température du sol entre 2 et 22°C.
    Bilan : Ce filtre se rapproche des conditions d'application du protocole, mais il conserve encore trop de parcelles hors-norme (pas assez restrictif)
  • F1 Médian :
    Conserve uniquement les parcelles échantillonnées entre mi-janvier et mi-mai (semaines 3 à 19) et avec une température du sol entre 4 et 17°C. De plus, ce filtre élimine les parcelles ayant une mauvaise infiltration de la solution moutardée et une pente de la parcelle supérieure à 20% (pour ces 2 variables (infiltration et pente), les paramètres "Inconnue" sont pris en compte).
    Bilan : Ce filtre fournit un bon compromis entre le respect des conditions d'application et l'obtention d'un échantillon suffisant après application du filtre
  • F1 Strict :
    Conserve uniquement les parcelles échantillonnées entre début février et mi-mai (semaines 6 à 19) avec une température du sol entre 4 et 17°C. De plus, ce filtre élimine les parcelles ayant une mauvaise infiltration de la solution moutardée et une pente de la parcelle supérieure à 20% (à la différence du filtre 1 médian, pour ces 2 variables (infiltration et pente), les paramètres "Inconnue" ne sont pas pris en compte).
    Bilan : Ce filtre respecte le mieux les conditions d'application mais conduit à une perte trop importante de données (plus de 50%)

Suite à cette analyse de données, nous proposons que le filtre 1 Médian soit retenu comme le filtre le plus pertinent.
Tout en gardant les caractéristiques du filtre 1 Médian, notre analyse s’est poursuivie en incluant un deuxième critère de sélection des données qui porte sur les 2 pratiques agricoles suivantes : le travail du sol et les traitements phytosanitaires réalisés dans les 30 jours qui précédent le prélèvement.


  • F2 TS :
    Conserve uniquement les parcelles n'ayant eu aucun travail du sol dans les 30 jours précédant le prélèvement (cependant les parcelles peuvent avoir eu un traitement phytosanitaire).
  • F2 Phyto :
    A l'inverse, ce filtre conserve uniquement les parcelles n'ayant eu aucun traitement phytosanitaire dans les 30 jours précédant le prélèvement (Cependant les parcelles peuvent avoir eu un travail du sol).

Afin d'obtenir des données encore plus fiables, ces 2 variables (travail du sol et traitement phytosanitaire) sont combinées dans le filtre final suivant :

  • F2 (TS Phyto) : (<=> F1 Médian TS Phyto)
    Possède les caractéristiques du filtre F1 Médian et conserve uniquement les parcelles n'ayant eu aucun travail du sol et aucun traitement phytosanitaire dans les 30 jours précédant le prélèvement
Un résumé de cette description des filtres est disponible dans le tableau suivant à télécharger : Tableau_synthèse_filtre
Retour Menu

Onglets des graphiques

Rappel : Pour une meilleure lisibilité des caractères de l'axe X, il est possible de cocher la case
Axe X Vertical Shiny ENI

Divers graphiques illustrant les données lombriciennes sont regroupés dans les onglets thématiques suivant :

Onglet Graphique Shiny ENI

  • Abondance totale : Nombre de lombriciens par m²
    • Histogramme de la valeur moyenne du nombre de lombriciens par m² avec l'erreur standard
    • Boxplot du nombre de lombriciens par m² (chaque point représente l'abondance lombricienne d'une parcelle)
    • Tableau des statistiques descriptives
  • Abondance par Groupe Fonctionnel (GF) : Nombre de lombriciens par m² des 4 groupes fonctionnels (Épigés, Épi-Anéciques, Anéciques Stricts, Endogés) et des indéterminables (identification non aboutie).
    Pour plus d'informations, cliquer ici.
    • Histogramme de la valeur moyenne par m² de chaque GF
    • Boxplot du nombre de lombriciens par m² de chaque GF
    • Camembert de la proportion de chaque GF (Structure fonctionnelle)
    • Tableau des statistiques descriptives de chaque GF
  • Richesse taxonomique : Nombre total de taxons (espèces et sous-espèces)
    • Histogramme du nombre total de taxons de chaque GF au sein de la modalité (la somme des valeurs de chaque histogramme fournit le nombre total de taxons présents dans la modalité)
    • Boxplot du nombre de total de taxons par parcelle
    • Tableau des statistiques descriptives
  • Structure taxonomique : proportion des différentes taxons (ordonnés par GF)
    • Camembert des proportions de chaque taxon
    • Légende indiquant le code taxon de l'ensemble des taxons présents dans la sélection
    • Tableau de la valeur moyenne par m² de chaque taxon (Les lignes vides (avec que des NA) représentent des taxons présents avec d'autres paramètres (donc absents pour ceux sélectionnés)).
  • Occurrence fonctionnelle ou taxonomique : Fréquence d'apparition d'un groupe fonctionnel ou d'un taxon au sein d'un ensemble de parcelles.
    Cette fréquence (axe Y) est obtenue en divisant le nombre de parcelles de chaque GF/taxon par le nombre total de parcelles de la modalité.
Lexique :
 
Retour Menu